溶洞都分布在石灰岩组成的山地中，石灰岩层是溶洞形成的重庆溶洞设计先决条件，地下水在溶洞的形成过程中起了决定性的作用，其形成其实是石灰岩地区地下水长期溶蚀的结果。石灰岩的主要成分是碳酸钙，当它遇到溶有二氧化碳的水时，会反应生成溶解性较大的碳酸氢钙；溶有碳酸氢钙的水遇热或当压强突然变小时，溶解在水里的碳酸氢钙就会分解，重新生成碳酸钙沉积下来，同时放出二氧化碳。洞顶的水在慢慢向下渗漏时，水中的碳酸氢钙发生上述反应，有的沉积在洞顶，有的沉积在洞底，日久天长洞顶的形成钟乳石，洞底的形成石笋。

    石笋和钟乳石是亲密伙伴。当洞顶上的水滴落下来时，石灰质也在地面上沉积起来。就这样，石笋对着钟乳石向上长。钟乳石是“先生”，石笋是“后生”，但石笋底盘大，本身比较稳定，不容易折断，所以它的“生长”速度常比钟乳石还快。石笋的最大高度能达30米，像是一座平地里长出来的“石塔”。 往下长的钟乳石，有时候也会和往上长的石笋接在一起，连接成一个石柱，那些顶天立地的“灵芝柱”，就是石笋和石钟乳对接起来之后形成的，石柱两头粗，中间细，不明底细的人还认为是谁凿出来的呢。

    在许多石灰岩洞里，钟乳石和石笋多数不是连在一起的；那是因为重庆溶洞设计不是钟乳石折断了，就是过多的石灰质堵塞了水滴的通路，水滴被迫改变路径转移到另一处，又长出一根新的钟乳石。这样，钟乳石和石笋就不会“碰头”了。日积月累，溶洞中就会出现一道沟或是一个洞，或是一根钟乳石，或是一根石笋，或是一根石柱，把它们组合在一起就成了“树林”、“珠帘”等奇丽景象了。